Jonathan Valiente comenzó a jugar al fútbol en un club barrial denominado Tayuazape, en su ciudad natal de San Lorenzo.
[2] El juego disputado en el estadio Nicolás Léoz de Tuyucúa finalmente se resolvería a favor del cuadro gumarelo por 2 goles contra 0, Jonathan no ingresó al encuentro en aquella oportunidad.
Jonathan ingresaría a los 33 minutos de la complementaria estrenándose en la máxima categoría del balompié guaraní con tan solo 16 años.
Paraguay finalmente se conformaría con el cuarto puesto de la competición, adjudicándose el último boleto al Mundial Sub-17 llevado a cabo en Chile ese mismo año.
[8] Sin embargo, Jonathan no sería tenido en cuenta por el entrenador Carlos Jara Saguier para formar parte de la cita mundialista.