Originario del barrio Santísima Trinidad, Carlos es el duodécimo hijo del matrimonio entre Críspulo Jara Román y Lidia Saguier, y el sexto de los siete hermanos futbolistas de la familia Jara Saguier.

Pasó los últimos años de su carrera con General Caballero y Sportivo Trinidense, donde se retiró en 1987.

Destacó en sus inicios jugando como "10" y su altura le permitió tener funciones de centro delantero.

[6]​ El personal de Cerro Porteño se presentó en la casa familiar para hablar con su madre Lidia, con quien llegaron a un acuerdo, y al día siguiente ya estaba entrenando en la entidad porteña.

De acuerdo al plan de trabajo estípulado por Don Guillermo, Jara Saguier sería el eje del mediocampo del club hasta 1983, pero en primera instancia le ofreció un contrato por cuatro años.

Habiendo sido clave en la reciente conquista del título, Guillermo Álvarez Cuevas tomó las riendas del proyecto que había iniciado su padre y le ofreció las facilidades a de los Santos para renovar su contrato hasta 1983, como se tenía previsto en la institución.

[16]​ Repetían el título en la campaña 1979-80 frente a los Tigres, que cerraba la década dorada del conjunto celeste.

[17]​[18]​ La temporada siguiente estuvieron cerca del tricampeonato, llegando nuevamente a final contra la Universidad Nacional, sin embargo, estos tomaron revancha de la final de 1979 y se quedaron con el título con 4-2 en la serie.

En el encuentro de vuelta disputado en el Olímpico Universitario, Carlos fue expulsado del partido tras realizar una fuerte entrada a Hugo Sánchez, con quien desde su llegada a México tuvo diferencias, y que de acuerdo a diversas declaraciones,[6]​ se había mostrado hostil con los juveniles de Cruz Azul cuando el juego estaba sentenciado.

No obstante, pese a la salida de algunos referentes del club, Saguier estaba considerado para la segunda mitad de la década y se preveía extender su contrato por al menos dos años más.

Como capitán del equipo, se consagró campeón de la Segunda División y obtuvieron su pase al máximo circuito.

[25]​ El «Moncho» Rodríguez le pidió quedarse para disputar la Primera División y buscar la permanencia pero, con 36 años de edad, Carlos tenía en mente dar por finalizada su etapa como jugador y empezar a desempeñarse como director técnico.

Poco después dirigió a Cruz Azul Hidalgo hasta mediados de 1998.

Su principal objetivo era evitar el descenso del club en 10 partidos, siendo Puebla y Celaya sus rivales directos.

Fue precisamente el «Abuelo» Cruz quien se inventó una jugada sobre la banda izquierda, centró el balón de tres dedos a segundo poste y decantó la anotación de Sergio Pérez, que dio calma al equipo a pesar del empate poblano.

La albirroja obtuvo su pase a los juegos tras finalizar en el segundo puesto, en gran medida, gracias al triunfo 1-0 ante Brasil con anotación de José Devaca, en lo que fue el último partido del torneo.

Tras batir la primera fase (con triunfos 4-3 ante Japón y 1-0 ante Italia, y una derrota 2-1 contra Ghana) el buen andar del equipo aumentó, se dejó en el camino a Corea del Sur (3-2) e Irak (3-1), y se llegó a la final de un torneo mundial por primera vez en la historia del país.

Sobre el partido, Carlos felicitó al club de San Luis, pero se dijo molesto con el arbitraje de Mauricio Morales, quien desde su perspectiva, fue tendencioso a favor del equipo campeón, sin estar abierto al diálogo.

En 2011 regresó a México para dirigir nuevamente en el ascenso al equipo deportivo de Cruz Azul en Hidalgo, donde tuvo un buen inicio y después un par de torneos grises.

[44]​ Sin embargo, los problemas estructurales en el interior de la institución comenzaron a verse reflejados en los resultados del club, y el 2 de septiembre presentó su dimisión del cargo: «Honestamente ya me cansé.

Desgraciadamente, una expulsión por doble tarjeta amarilla al propio centrocampista paraguayo al minuto 60 propició el segundo tanto neozelandés en el minuto 91 del encuentro, que decretó la derrota 2-1 y su despedida del torneo.

[47]​ El equipo estaba virtualmente descendido y necesitaba una campaña de campeón para conseguir la permanencia.

Pese a conseguir levantar anímicamente al plantel y cosechar triunfos importantes, no consiguió la suma de puntos necesaria y se marcharon de la categoría tras el final del Torneo Clausura.

[54]​[55]​ Luego de un cardiaco y polémico empate 3-3 contra Argentina, liderados por su capitán Diego Gómez Amarilla derrotaron 2-0 en el último partido al combinado local y se consagraron campeones del torneo por segunda ocasión en su historia desde la edición celebrada en casa de 1992, entonces dirigidos por Sergio Markarián, y obtenían su boleto al Torneo Olímpico de París 2024.

Pese a tener un excelente año deportivo en 1979, Carlos fue relegado por el técnico Ranulfo Miranda del equipo que se coronaría campeón en la Copa América 1979 ante Chile.

Creciendo sin su padre Críspulo, fallecido en 1953, encontró en su madre Lidia Concepción una brújula moral, que lo llevó a desarrollar una personalidad tranquila, con lo que se mantuvo siempre alejado de los excesos y las distracciones.

[78]​ Se volvió a casar, esta vez con Natyn Coll, unión de la que surgieron dos hijos: Johan y Natalia.

[79]​ En abril de 2023 se dio a conocer que su hijo Carlos se encontraba internado a causa de una pancreatitis aguda, por lo que su familia estaba solicitando apoyo para solventar los gastos médicos.

Carlos de los Santos comentó que su hijo se había sometido a trece cirugías a causa de la enfermedad: «es el partido más difícil que me está tocando jugar con él», expresó.