Anteriormente ocupó el cargo de secretario de Derechos Humanos, Convivencia y Cooperación y fue asesor del lehendakari Iñigo Urkullu.

En diciembre de 1992 fundó Elkarri, movimiento social que trabajó activamente por la no violencia, los derechos humanos, el diálogo, el pluralismo y la paz en el País Vasco.

Este movimiento llegó a tener 1200 militantes activos en el País Vasco y Navarra, así como 3500 aportantes económicos.

Tras su disolución, Elkarri dio paso a una nueva organización, Lokarri.

[2]​ Tras la desaparición de Elkarri, Jonan Fernández creó Baketik, fundación dedicada a promover procesos de transformación personal, educacional, convivencial, organizacional o social con sentido ético.