Ya desde el inicio de las obras en 1985 surgieron las primeras movilizaciones contra la autovía debido a la problemática medioambiental que suponía la destrucción del único valle sin urbanizar que quedaba en Guipúzcoa.
En 1988 se creó la 'Coordinadora Antiautovía' como un movimiento ecologista con un discurso global y unas propuestas concretas sin ningún punto de encuentro con el proyecto institucional.
Incluso la organización terrorista ETA se involucró, cometiendo diversos sabotajes y asesinando a cuatro personas relacionadas con las obras.
Desde la izquierda abertzale se insistió en la búsqueda de una alternativa al trazado inicial y la obra dividió a la ciudadanía según su ideología política, más allá de los argumentos sobre su utilidad o sobre su impacto ambiental.
La propuesta fue aceptada y a finales de 1992 se creó Elkarri como un «movimiento social por el diálogo».