Tras la guerra se abrió camino como actor de comedia, destacando su actividad radiofónica en Waterlogged Spa, junto a Eric Barker, y Puffney Post Office.

Fue conocido por su parecido a Danny Kaye, imitando al mismo en el filme de 1949 Murder at the Windmill.

Uno de sus papeles cinematográficos más memorables fue el que hizo en 1971 en The House That Dripped Blood.

Únicamente su inmediato sucesor, Tom Baker, interpretaría al Doctor durante más tiempo (siete años entre 1974 y 1981).

A primeros de 1974, anunció que dejaba el personaje para volver al teatro con The Bedwinner.

Emitida por primera vez en 1979 en Independent Television (ITV), el show fue un éxito inmediato, manteniéndose en antena hasta 1981.

También interpretó al personaje en el teatro, y grabó un álbum, Worzel Gummidge Sings, así como un sencillo navideño.

En la fecha de su fallecimiento, Pertwee era visto regularmente en un anuncio comercial televisivo del operador telefónico Vodafone.

En 2000 se publicó Jon Pertwee: The Biography, escrita por Bernard Bale (ISBN 0-233-99831-4) y editada por Andre Deutsch Ltd.