Su madre, Mary Jane Fleming, era una limpiadora, y su padre, John Stewart Baker era un marinero judío[1]​ inglés al que rara vez se veía en casa.

Fue en este tiempo cuando dio sus primeros pasos en la interpretación, al principio como hobby, pero se profesionalizó a finales de los años sesenta.

El propio Baker sugirió varios aspectos de la personalidad del Doctor, pero la bufanda larga fue creada por accidente.

James Acheson, el diseñador de vestuario, le había entregado a la tejedora, Begonia Pope, mucha más lana de la necesaria, y Pope tejió toda la lana que le dieron.

[6]​ En una encuesta publicada por la revista BBC Homes and Antiques en enero de 2006, Baker fue votada la cuarta estrella más excéntrica, solo superado por Björk, Chris Eubank y David Icke.

Ha reaparecido como el Doctor para un especial benéfico en 1993, Dimensions in Time y en audio para el videojuego de PC Destiny of the Doctors.

[9]​ En junio de 2006, volvió a expresar interés en el papel en una columna para Radio Times, indicando: "vi un poco del nuevo Doctor Who y creo que el nuevo chico, David Tennat, es excelente."

[11]​ En marzo de 2011, se anunció que Baker volvería como el cuarto Doctor para dos series de dramatizaciones para Big Finish Productions junto a las antiguas compañeras Leela (Louise Jameson) y Romana I (Mary Tamm).

Describió a Letts, quien originalmente le eligió para el papel, como "el gran enlace que cambió toda mi vida".

Una aparición como invitado en 1998 en el programa Have I Got News For You fue, según el Daily Mirror, lo que volvió a convertirle en una figura de culto y relanzó su carrera en Gran Bretaña.