Tras abandonar el Sunbury College, Pertwee asistió a la Bristol Old Vic Theatre School y, tras graduarse en 1986, estuvo de gira con la Royal Shakespeare Company durante tres años.

Fue copropietario de la productora Natural Nylon junto a Sadie Frost, Jude Law, Jonny Lee Miller y Ewan McGregor.

Actúa junto a Danny Dyer, Jaime Murray, Janet Montgomery y Craig Fairbrass.

Pertwee también apareció en otra película sobre zombis, The 4th Reich[2]​ que rodó en 2010, dirigida por Shaun Smith.

[3]​ Más recientemente, Sean trabajó para BBC Radio 4 interpretando al actor Oliver Reed en la obra Burning Both Ends de Matthew Broughton.