Eduardo hizo su debut profesional en las MMA a los dieciséis años.

En diciembre de 1999, Eduardo hizo su debut internacional al enfrentarse a Takanori Gomi en el Vale Tudo Japón 1999.

[5]​ Sin embargo, Eduardo tuvo que abandonar la tarjeta por una lesión y fue sustituido por Alex Soto.

[6]​ Eduardo luchó contra Jeff Curran en UFC on Fuel TV: Korean Zombie vs.

[7]​[8]​ Eduardo derrotó a Curran por decisión unánime, consiguiendo su primera victoria en la UFC.

[9]​ Sin embargo, el 6 de marzo, Eduardo se vio obligado a abandonar el combate alegando una lesión en el hombro.

[10]​ Jabouin fue retirado de la tarjeta al no poder encontrar un sustituto adecuado con poca antelación.

[13]​ A pesar de que las apuestas no le daban la razón, ganó el combate por KO en el primer asalto.