John Muirhead Macfarlane ( 1855–1943) fue un botánico escocés.
Nació y se educó en Escocia, donde llegó a ocupar varias cátedras en la Universidad de Edimburgo antes de emigrar a Estados Unidos para asumir la cátedra en la Universidad de Pensilvania en 1893, en donde permanece hasta su retiro en 1920.
Desempeñó un importante papel en la organización y diversificación del jardín botánico de la Universidad de Pensilvania.