Decide emigrar hacia climas más cálidos, acompañado con dos hermanas, zarpa desde Bremen con rumbo a Australia.
Exploró las cordilleras del búfalo, luego el río Goulburn y llegó a la costa cursando Gippsland.
Debe reconocerse la importancia y meticulosidad de la recolectora Mary Harriet Bate (1855-1951).
Ferdinand von Mueller exploró el río Victoria y otras porciones del territorio del norte de Australia, fue uno de los cuatro que alcanzó llegar al lago Termination en 1856, y a la bahía Moreton.
Publicó ese año su obra titulada Definitions of Rare or Hitherto Undescribed Australian Plants.