Nacido en la ciudad de Newry (Irlanda del Norte) en el año 1936.
Ese mismo año comenzó sus estudios universitarios, licenciándose en Filosofía por la Universidad de Cork y seguidamente se trasladó a Italia donde se licenció en Teología por la Pontificia Universidad Lateranense de la ciudad de Roma.
Posteriormente estuvo durante seis años como misionero en Nigeria y al pasar estos años fue nombrado procurador general de su congregación en Roma.
Más tarde el papa Pablo VI escogió a John Magee como su secretario privado personal, tras el fallecimiento de Pablo VI permaneció en servicio siendo el secretario del papa Juan Pablo I y seguidamente de su sucesor Juan Pablo II, donde trabajó junto a Diego Lorenzi y Stanisław Dziwisz y fue el primer secretario personal en la historia que ha estado al servicio de tres sumos pontífices.
Tras todo el escándalo desatado, el día 24 de marzo del año 2010 John Magee presentó su renuncia al gobierno pastoral de la diócesis al papa Benedicto XVI debido a todo lo ocurrido y también por motivos de edad, sucedido por el nuevo obispo Mons.