Hijo de un médico municipal, Scheuchzer nació en Zúrich en 1672.
Cuando finalizó sus estudios, Scheuchzer trabajó en sociedades científicas y en las academias de la ciudad.
Entre 1705 y 1707 escribió un resumen de los resultados de sus estudios en Seltsamen Naturgeschichten des Schweizer-Lands wochentliche Erzehlung donde refutó la opinión que ciertos organismos eran obra del demonio.
En 1701 publicó el primer libro de física en alemán, titulado Physica, oder Natur-Wissenschaft, que sirvió como un recurso para la educación popular.
También consultó el médico municipal de Lucerna, Moritz Anton Kappeler, y su alumno Henri Hottinger, quien juntos establecieron el estudio de cristalografía moderna porque tenían notas observando la meteorología que le resultó útil a Scheuchzer para producir reportes meteorológicos.