Encke nació en 1791, estudió matemáticas y astronomía en Gotinga, teniendo como maestro a Carl Friedrich Gauss.
En 1812 se convirtió en profesor en Kassel hasta 1813, cuando luchó en el ejército contra las fuerzas de Napoleón Bonaparte.
A finales de 1818, Jean Lois Pons descubrió un débil cometa, el cual ya había sido observado por Pierre Méchain en 1786 y en 1795 por Caroline Herschel.
En 1822 fue nombrado director del observatorio de Gotha, y en 1825 fue llamado a Berlín por el rey prusiano.
Siguió trabajando en los cálculos orbitales de cometas y asteroides.