Por decreto del 20 de diciembre de 1867 fue designado enviado extraordinario y ministro plenipotenciario del Brasil en una misión especial en la Confederación Argentina.
Pese a servir a la república fue descripto como «el bastión del tradicionalismo, heredero de las costumbres más establecidas de la burocracia imperial»[1] pese a lo cual intentó modernizar la organización del trabajo del personal del ministerio, lo cual fue luego desestimado por su principal adversario, el Barón de Río Branco, quien se convertiría finalmente en la principal figura de la Cancillería.
En su homenaje la cancillería brasileña creó la Fundación Vizconde de Cabo Frío (Fundação Visconde de Cabo Frío).
Había casado con Maria Benedicta Lobato Cunha con quien tuvo un hijo, José Antônio Lobato Cunha do Amaral.
Fue condecorado por su gobierno y numerosas naciones extranjeras: