Joaquín Aguirre fue formado en las divisiones menores del Club Universitario de Deportes.
[3] En el 2018 fue fichado por Sport Rosario descendiendo a Segunda.
En el 2019 ficha por el recién ascendido Alianza Universidad.
En el 2024 fichó por Unión Comercio, club con el que descenderia a final de temporada.
Ha sido internacional con la selección de fútbol sub-22 del Perú, con la cual disputó los Juegos Panamericanos de 2015 realizados en Toronto.