Juega como lateral derecho y actualmente milita en el Cortulua de la Categoría Primera A. Jhonatan Pérez, llegó desde su pueblo natal (Fonseca, Guajira) a Bogotá gracias al entrenador Neys Nieto quien lo lleva a las divisiones inferiores de Millonarios FC.

Allí Pérez jugaría 72' minutos del encuentro habiendo ingresado al terreno de juego por Elvis Perlaza.

Tres días después se conoció públicamente una demanda del gerente del Cúcuta Deportivo en la que argumentaban que Pérez había presentado documentación falsa: Posteriormente sería sancionado por parte de la Dimayor.

Pasaron dos años para que se aclarara la situación y el jugador pudiera volver a fichar con un club.

En los últimos años se le han destacado sus actuacciones en la primera división jugando para Alianza Petrolera, América de Cali y Atlético Huila.