Se desempeñó brevemente como ministro de Economía del presidente Raúl Alfonsín.

En la derrota electoral que debilitó de manera decisiva al gobierno del presidente radical Raúl Alfonsín, la Capital Federal, junto a las provincias de Córdoba y Río Negro, fueron los únicos distritos en los que el oficialismo radical triunfó frente al peronismo opositor.

Justamente por la minoría partidaria, en 1993 ingresó como cuarto candidato a diputado nacional por la UCR para las elecciones del 3 de octubre, con lo cual fue elegido una vez más diputado nacional.

Tras el Pacto de Olivos entre Alfonsín y el presidente Menem, Rodríguez respaldó la opción política del expresidente radical.

Frente a las elecciones presidenciales de 1995 en la cual el presidente Carlos Menem buscaría su reelección, el Ateneo del Centenario apoyó la fórmula presidencial integrada por Federico Storani y Rodolfo Terragno, de perfil más opositor, la que finalmente perdió la interna radical frente al rionegrino Horacio Massaccesi, apoyado por Alfonsín, Eduardo Angeloz y los gobernadores radicales.

Fue editor responsable de la revista virtual Escenarios Alternativos, que tiene como origen una revista homónima en formato libro aparecida a comienzos de 1997 y que dirigiera el mismo Jesús Rodríguez junto al puntano Walter Ceballos.