Se opuso al golpe de Estado del coronel Segismundo Casado ya en 1939 y organizó la evacuación de numerosos militantes comunistas.
En 1941, la dirección del PCE decidió enviarlo de vuelta a España para reconstruir el PCE junto a Jesús Hernández y Pedro Checa.
Tras viajar clandestinamente en un barco portugués desde Estados Unidos, fue detenido por la Policía portuguesa en Lisboa, siendo entregado a las autoridades franquistas, las cuales, tras un consejo de guerra, lo condenaron a muerte.
Fue fusilado junto a otros miembros de la dirección del PCE como Joaquín Valverde, Jesús Gago, Francisco Barreiro Barciela, Eladio Rodríguez González, Manuel Asarta, Jaime Girabau e Isidoro Diéguez, en las tapias del Cementerio de la Almudena en 1942.
En diciembre de 1979 se fundó en Beasáin una asociación llamada "Sociedad Cultural Jesús Larrañaga".