Estableció un poco más el dominio de Francia sobre Europa y marcó profundamente la historia del continente.
Justo después se construyó la muralla, un elemento importante de la ciudad, ya que Jena estuvo en la región fronteriza con los pueblos eslavos.
Tras la guerra, la Reforma pierde su carácter revolucionario en el ámbito social, y este queda reducido a los círculos teológicos.
En los años posteriores hay algunas negociaciones de la liga con Carlos V y con el papa Pablo III.
Los ernestinos sufren una crisis muy grave que provoca un cambio radical en la pequeña ciudad vinicultora de Jena.
Esto y una excepcional constelación de diferentes personajes famosos favorecen un clima productivo culturalmente.
Gracias a su iniciativa y liderazgo, se inaugura en 1794 el Jardín botánico de Jena.
Una de las tropas voluntarias más importante es la Lützowsche Freikorps, bajo el mando del general Ludwig von Lützow.
En la primera parte del siglo XIX la universidad, las editoriales y la agricultura son la principal fuerza económica de la ciudad.
A partir de 1861, lanzan al mercado microscopios en forma modular, que permitían combinar la óptica como se deseara.
Por falta de una teoría científica en óptica, los microscopios se producen probando diferentes lentes hasta obtener la calidad necesaria.
Alrededor del centro antiguo se desarrollan barios nuevos en el Jugendstil (modernismo alemán), la arquitectura de la época.
En 1903, la casa del pueblo (Volkshaus), un gran centro cultural, abre sus puertas, también se funda la Asociación de Arte de Jena (Jenaer Kunstverein), que en los años siguientes se convierte en una institución importante en Alemania por las tendencias vanguardistas artísticas.
Durante la Segunda Guerra Mundial, los bombardeos aliados, especialmente en febrero y marzo de 1945, causaron numerosas destrucciones en la ciudad.
[11] El bombardeo causó graves daños y destrucción total, una gran parte del centro de la ciudad fue completamente destruida.
La reunificación alemana de 1990 provoca bastantes cambios, las fábricas tradicionales despiden a muchos trabajadores, nuevas industrias se desarrollan, la ciencia y la universidad cobran otra vez importancia.
Gracias a la localización en el valle del río Saale los inviernos en Jena son bastante más suaves que en otras ciudades de Alemania.
La población de Jena ha aumentado desde que se transformó en una ciudad industrial en el siglo XIX, y también durante las dos guerras mundiales.
En los ochenta la fábrica Zeiss construye un tercer planetario para desarrollar nuevas técnicas, que abre al público en días concretos.
Al principio Goethe y Schiller no comparten amistad, los dos poetas son demasiado diferentes; el joven Schiller aún está en la etapa del Sturm und Drang (tormenta e ímpetu) y Goethe ya la ha superado.
En estos años muchos pensadores importantes escriben para Horen (Johann Gottfried Herder, Friedrich Hölderlin, Wilhelm y Alexander von Humboldt).
En 1794 el filósofo Johann Gottlieb Fichte, aun muy joven, se traslada a Jena para tomar cargo de su primera cátedra.
En estos años Schelling y Hegel publican juntos el “Periódico de física especulativa” (Zeitschrift für spekulative Physik).
Schelling, Ludwig Tieck, Clemens Brentano, Johann Wilhelm Ritter y el científico noruego Henrik Steffens.
El Museo de la Filogenia - Phyletisches Museum se fundó por una iniciativa del biólogo Ernst Haeckel.
El museo está en una histórica central eléctrica al norte del centro de la ciudad.
No obstante, para desarrollar esta teoría con una base científica sólida faltaban 100 años más, hasta que Charles Darwin lo consiguiese.
Al oeste del centro histórico está el antiguo complejo principal de la fábrica Zeiss.
Los edificios albergan hoy el campus universitario y la Goethe Gallerie, un centro comercial que ofrece exposiciones temporales.
Fussball Bundesliga) y el Science City Jena que juega en la segunda división nacional de baloncesto (Basketball-Bundesliga, BBL).