[5]​ Durante la época romana se la conoció como Ginae[6]​ y estuvo poblada exclusivamente por samaritanos (en hebreo, כותים).

[7]​ En época romana se la conoció como Ginae, y pertenecía al distrito de Sebastiya.

Yenín aparecía en la lista de ciudades pertenecientes al subreino centrado en Safed.

[10]​ Durante el control otomano de Palestina (1517-1918), Yenín, Lajjun y la zona del Carmel estuvieron gobernados durante parte del siglo XVII por la familia beduina de los Turabay.

Aunque fue tomada brevemente por la Brigada Carmel del ejército israelí durante la "Ofensiva de los Diez Días" que siguió a la cancelación del primer alto el fuego, dicha ofensiva fue en realidad un señuelo para distraer tropas árabes del sitio de Jerusalén, y los avances en el sector de Yenín se abandonaron rápidamente cuando llegaron los refuerzos árabes.

En 2002, Israel llevó a cabo la Operación Escudo Defensivo con un saldo de unos 500 palestinos muertos.

[24]​ Numerosos testigos presenciales afirmaron que los soldados israelíes disparaban a gente desarmada y les negaban tratamiento médico,[24]​ como consecuencia de lo cual acababan muriendo.

[24]​ Un hombre paralítico de 37 años se vio sepultado vivo bajo los escombros de su casa, pese a lo cual su familia no obtuvo permiso del ejército israelí para recuperar su cuerpo.

[24]​ Los soldados también dispararon al personal médico (matando a una enfermera[24]​) que intentaba alcanzar a los heridos incluso aunque llevaban puesto el uniforme que los identificaba como miembros de la Media Luna Roja.

En al menos cuatro casos, la causa esgrimida por Israel para el asesinato de civiles en Yenín fue que se habían saltado el toque de queda o deambulaban por "zonas cerradas", un uso de fuerza letal que según Human Rights Watch es una vulneración del derecho humanitario internacional.

Durante los años que sucedieron a estos hechos, Yenín ha sufrido numerosos y extensos toques de queda y asesinatos selectivos por parte de las tropas israelíes.

[26]​ En 2005, una investigación de un juzgado británico declaró su muerte como "asesinato ilegal".

Su novio, su hermano menor y uno de sus primos habían muerto previamente a manos del ejército israelí.

En 2010, 600 nuevos negocios abrieron en Yenín, y la Feria de Comercio del Canaán tiene su base en la ciudad.

[20]​ El ejército israelí siguió realizando incursiones casi diarias en el campamento, lo que llevó a frecuentes enfrentamientos con los milicianos locales.

[6]​ Justo al suroeste de Yenín se encuentra la llanura conocida como Sahl Arraba (o Valle de Dothan), y un poco más al sur está el valle Marj Sanur.

[37]​ A unos 5 kilómetros al este de Yenín está el monte Gilboa (Jabal Faqqua en árabe).

El municipio de Yenín se creó en 1886, cuando Palestina formaba parte del Imperio Otomano, con tan solo 80 votantes y elecciones cada 4 años que duraron hasta 1982, cuando Israel tomó el control del municipio hasta 1995.

La ciudad tiene un monumento a los pilotos alemanes derribados en Yenín durante la Primera Guerra Mundial, en el que se puede observar una hélice de madera original.

[44]​ Un viejo aeródromo que data del Mandato Británico, el aeropuerto de Muqeible, se encuentra también en Yenín.