Candidato a doctorado en la Universidad de California, Berkeley, fue alumno de Alfred Kroeber y Robert Lowie.

Durante el curso de su investigación sobre las prácticas curativas mazatecas, Johnson también registró el uso de otro alucinógeno, "hierba María" ahora conocida como Salvia divinorum .

En 1939-1940, bajo la dirección de Morris Swadesh , Johnson realizó un estudio del idioma yaqui , publicado póstumamente.

Los estudios de Johnson fueron interrumpidos por la Segunda Guerra Mundial .

Se unió a la Reserva Naval de los Estados Unidos en 1942 y murió en Túnez en 1944.