Desconfiando de posibles conspiraciones dentro del palacio presidencial, en la capital de Port-au-Prince, trasladó su gobierno a la segunda ciudad del país, Cap-Haitien y Port-au-Prince perdió su condición de capital.

Su gobierno tuvo que hacer frente a las incursiones que desde la República Dominicana acosaban a las tropas haitianas a lo largo de la frontera y a los ataques por parte de barcos dominicanos en las costas de Haití.

Pierrot decidió iniciar una campaña militar contra los dominicanos, a quienes consideraba simplemente como insurgentes.

Además, Pierrot no era del agrado del ejército al haber otorgado grados militares a los dirigentes de los campesinos del Departamento Sur y a muchos de sus seguidores.

La población de Port-au-Prince y la élite intelectual y militar, instalada en la antigua capital, no aceptó el destino de su ciudad.