Se le tiene por creador del Rito Escocés Rectificado de la Masonería.
Una vez aprendido el oficio, se instaló por su cuenta cuando contaba con 24 años, produciendo y comercializando sedas.
Había sido iniciado en la masonería a los 20 años, y solo dos años más tarde ya era Venerable de la Logia; en el año siguiente, en 1753, fundó su propia Logia masónica, La perfecta amistad, que tuvo gran desarrollo y donde se realizaban estudios ocultistas, destacando la alquimia.
En 1763, junto con su hermano Pierre-Jacques forma parte del «Souverain Chapitre des Chevaliers de l'Aigle Noir Rose-Croix» con vocación por la alquimia.
En 1767, en Versalles, Willermoz recibe iniciación directamente de Jacques Martínez de Pasqually, y desde ese momento en adelante su vida estará iluminada y sostenida por la doctrina secreta del Maestro.