Esta ocupación le dejaba mucho tiempo libre para dedicarse a sus estudios místicos y esotéricos.

[2]​ En 1765 Saint-Martin ingresa a este grupo, que le brindó un sustento teórico y místico para sus futuras obras.

Poco tiempo después fue nombrado Secretario personal de Pasqually, con el que mantuvo una estrecha relación hasta su muerte en Puerto Príncipe, Saint-Domingue —actual Haití—, a donde Pasqually se había desplazado para atender asuntos familiares.

Con un carácter marcadamente más místico que su compañero Willermoz, Saint-Martin se aleja progresivamente de las ideas de este, desarrollando su propio sistema espiritual, fuertemente influenciado por las ideas de Jakob Böhme, al que consideraba su segundo maestro.

Tras la Segunda Guerra Mundial, esta organización pasó a funcionar bajo la égida de la Orden Rosacruz AMORC, que desarrolló y promovió las actividades martinistas en todo el mundo.