En 1947 ingresó en la Universidad de San Marcos; inicialmente, estudió simultáneamente pre-médicas y letras.
En 1972 optó el Grado de Doctor en Medicina en la Universidad Peruana Cayetano Heredia, con la tesis: Socio-psiquiatría en el Perú.
Fue el primer Director General y fundador del Instituto Nacional de Salud Mental “Honorio Delgado-Hideyo Noguchi” (1982 a 1987).
Javier Mariátegui siempre resaltó por su lealtad intelectual y gran admiración por personas que marcaron su formación académica, tanto figuras representativas del pensamiento y de la medicina peruana así como por algunos de sus maestros universitarios.
Desde 1969 fue director-Editor de la Revista de Neuro-Psiquiatría, fundada por Honorio Delgado y Julio Oscar Trelles en 1938 y que se edita regularmente hasta la fecha.
En 1989 dirigió la edición de La Psiquiatría en América Latina (Editorial Losada, Buenos Aires), una de los primeras compilaciones sobre la realidad psiquiátrica en América Latina.
En 1989, participó como coeditor, junto a su hermano José Carlos, del Anuario Mariateguiano, publicación periódica dedicada exclusivamente a obras de /o sobre José Carlos Mariátegui.