Jesuita, fue un conocido científico y experto en bioética.
Desde allí crea, en 1997, uno de los primeros máster en Bioética.
Su pensamiento teológico moral, especialmente en materia de bioética, ética sexual y ecología, sigue siendo referencial tanto en la península ibérica como en América Latina, donde solía ser convocado para cursos y conferencias.
El pensamiento de Gafo se ha considerado un puente entre la bioética católica y la secular.
Desde su visión entre la cultura científica y las humanidades, analizó los aspectos bioéticos de la reproducción asistida, la manipulación genética, el sida, la eutanasia, la deficiencia mental, el asesoramiento genético, la ancianidad, los trasplantes de órganos, los llamados derechos de los animales, la ecología, la biotecnología, la ética sexual.