Es conocida por su papel de Lois en la serie Malcolm in the Middle.
En 1998, fue elegida como la madre de David y Jennifer en la película Pleasantville.
Kaczmarek fue nominada siete veces en los premios Emmy por su caracterización de Lois en la serie, uno por cada año.
Tras el final de Malcolm in the Middle, se convirtió en la estrella de la serie Help Me, Help You coprotagonizada con Ted Danson, actuó en Raising the Bar serie de TNT que duraba una hora, en la cual interpretó a la jueza Trudy Kessler.
En 2011 participó como actriz invitada en la comedia Wilfred protagonizada por Elijah Wood.
La última vez que fueron vistos juntos públicamente, fue en septiembre de 2008, en la apertura de la obra llamada The House of Blue Leaves una producción realizada en Los Ángeles, en la que fue protagonista.
En el año 2006, Kaczmarek y su compañero de reparto en Malcolm in the Middle, Erik Per Sullivan, contribuyeron en el epílogo del libro para niños Together, que muestra la importancia de los animales domésticos para las personas pobres del mundo, y fue inspirado en la misión de la organización caritativa no lucrativa, Heifer International.