Bautizado por el P. Ronald MacDonald, recibió su primera Comunión de Mons.
Jean Chaisson y su confirmación del obispo James Charles McDonald.
Después de asistir a Prince of Wales College y Saint Dunstan's University (donde obtuvo la Medalla Académica del Gobernador General ) en Charlottetown, McGuigan estudió en Laval University (recibiendo una licenciatura en artes en 1914) y el Gran Seminario (obteniendo doctorados en filosofía y teología en 1918) en la ciudad de Quebec.
A los 35 años, McGuigan era el arzobispo más joven de la Iglesia.
Asistió al Concilio Vaticano II de 1962 a 1965 y sufrió un derrame cerebral severo allí.