Hijo de Jacques I (1510-1584), ayudó primero a su hermano Baptiste (1544-1602) en las obras del castillo del Louvre, construyendo entre 1607 y 1610 la Gran Galería del Palacio, paralela al río Sena, y el Pavillon de Flore del Palacio de las Tullerías.
Comenzó el pont Neuf en París por orden de Enrique III, pero la guerra civil impidió finalmente su realización.
Androuet también construyó varias hôtels particuliers (mansiones) en la capital.
Protestante, fue conocido sobre todo por ser el arquitecto del templo de Charenton, construido para la comunidad parisina reformada en 1607.
A su muerte fue enterrado en el parisino cementerio de los Santos Padres.