No fue tan popular como Kléber y le faltó el apoyo de sus oficiales.

Fue vencido y Menou se retiró a Alejandría, donde se tuvo que rendir el 30 de agosto de 1801 tras un sitio.

Menou pudo lograr la repatriación de sus fuerzas, pero tuvo que hacer concesiones a los británicos como entregar la piedra Rosetta, descubrimiento del capitán Pierre-François Bouchard y llave para entender la escritura jeroglífica.

Poco después fue nombrado Administrador de la 27.ª División Militar (Piamonte).

Sus mayores contribuciones al Imperio francés tuvieron lugar en Italia.