Tras la derrota de Ra, O'Neill y su equipo regresan a la Tierra mientras Jackson se queda en el planeta.

[4]​ Está casado, pero su matrimonio atraviesa una profunda crisis, causada por su depresión tras la muerte accidental de su hijo al disparase con su arma.

Aunque siguen juntos cuando Jack es reclutado para su primera misión a través del Stargate, para cuando regresa ella le ha dejado.

Toma el mando del comando SG-1, formado por Samantha Carter, Teal'c y Jackson.

Tras esos acontecimientos, O'Neill es ascendido a general de brigada y puesto al mando del Programa Stargate.