Tuvo grandes actuaciones en el Inter de Milán con el que fue campeón italiano y europeo.
En julio de 2005 retornó al Inter, donde fue titular siete temporadas consecutivas.
El equipo descendió al Football League Championship en 2013-14, tras lo cual perdió la titularidad y jugó solamente un partido de copa.
El Benfica hace oficial su traspaso por dos temporadas y le asigna el dorsal 20 para sustituir al portero Jan Oblak que fue vendido al Atlético de Madrid.
Júlio César debutó en la selección brasileña en la Copa América 2004, aunque Júlio César ya había estado de suplente en la Copa Confederaciones 2003, donde no disputó ningún partido, aunque Brasil había quedado en primera fase.
Un error suyo acusó el primer gol, lo que lo convirtió en un blanco de críticas y quedó relegado en el plantel.