Isidro destacó por su febril actividad pastoral; se permitió incluso rechazar el nombramiento de obispo de Barcelona que le ofreció Felipe V en 1734, y otras propuestas no menos atrayentes.
Le consagró en esta Catedral, D. Francisco Rodríguez Chico, obispo de Teruel.
Recordaba en ella que: Don Isidro se escandalizaba de que no solo eran ya seglares los que asistían a las comedias, sino algunos curas, e incluso prebendados de la catedral, "atropellando no sólo mis avisos impresos en mi pastoral última sino todas las disposiciones de la Iglesia".
Pero él intervino intentando apaciguar a los exaltados por medio del venerable señor Leoz, su amigo.
A ningún contemporáneo le pasó inadvertido el simbolismo y hondo significado de ambas medidas.
Su cuerpo se depositó en la Catedral y luego fue llevado a una tribuna del Oratorio de San Felipe Neri, donde yace también su hermano Don Álvaro.