Además es en este momento cuando conoció a dos jesuitas con quienes entró en una intensa relación espiritual.

Esta causa contribuyó a intensificar la religiosidad de Isabella.

Del matrimonio sólo nacería un hijo, Francesco Teodoro, muerto a los 14 años.

[7]​Quedó viuda en 1606, vendiendo su palacio de Nápoles a Tommaso III Filomarino.

En su honor se celebraron importantes funerales que contaron con arquitecturas efímeras.