En 1908, los “Amigos de las Artes” se fusionaron con el Club Olimpia, y dieron lugar al Iraklis.Se eligieron sus colores, el azul y blanco, los mismos que aparecen en la bandera griega.Como en años anteriores, el club mantiene su condición en la parte alta de la recién formada Liga, ganándola en 1923.No obstante, el club tenía que luchar con los problemas financieros de una penosa economía griega.Se formó una sólida plantilla, con varios jugadores jóvenes de las bases como Fanaras, Nikoloudis, Zafiridis, Gesios, Papaioannou y Haliabalias.En la temporada 1983-84 el Iraklis alcanzó su mejor posición de la liga hasta la fecha, finalizando en el tercer lugar.En 1985 el equipo ganó la Copa de los Balcanes con una victoria total (5-4 ) contra el FC Argeş Piteşti.Los seguidores comenzaron a pedir un cambio en la gestión del club, el presidente Petros Theodoridis comenzó a vender la mayor parte los jugadores estrella (Christos Kostis, Giorgos Anatolakis, Savvas Kofidis etc.) El Iraklis jugó en 1990 contra el Valencia FC en la Copa UEFA, siendo eliminado en Mestalla.Se contrató al entrenador Giannis Kyrastas considerado el mejor de Grecia, que solo estuvo en el cargo una muy decepcionante temporada.Angelos Anastasiadis fue nombrado nuevo entrenador, y pese a que se le consideraba un hombre muy controvertido consiguió clasificar al equipo dos veces para la Copa de la UEFA.En 2017 fue descendido a tercera división por sus deudas, aunque al finalizar la temporada 2017/18 ha quedado primero de su grupo.Sin embargo está prevista la construcción de un nuevo estadio con capacidad para 27770 espectadores.