Intercalación

Existen algunas moléculas - en este caso, también conocidas como "ligandos" - que pueden interactuar con el ADN.

Los ligandos pueden interactuar con DNA formando enlaces covalentes, mediante uniones electrostáticas, o intercalamiento.

La intercalación como mecanismo de interacción entre sistemas aromáticos policíclicos, planos, catiónicos del tamaño correcto fue propuesto por primera vez por Leonard Lerman en 1961.

A partir de esta posición, el ligante puede entonces deslizarse en el medio hidrofóbico que se encuentra entre los pares de bases y lejos del ambiente exterior hidrofílico que rodea al ADN.

Los pares de bases transientemente forman aperturas debido a la energía adquirida durante colisiones con moléculas solventes.