Insurgencia del Ejército de Resistencia del Señor

El movimiento, liderado por Joseph Kony, quien se proclama el "portavoz" de Dios y medium espiritual, tiene por objetivos derrocar al gobierno de Yoweri Museveni y establecer un Estado teocrático basado en los Diez Mandamientos y la tradición acholi, de acuerdo con sus líderes.

Para agosto de ese año, se había desarrollado una insurgencia popular en las regiones del norte que fueron ocupadas por las nuevas fuerzas gubernamentales.

En 1987, Joseph Kony apareció autoproclamándose como Medium espiritual y fundando el ERS, como varios que surgieron en ese tiempo.

Hasta 1991, ERS asaltó a la población en busca de suministros.

Aunque la operación fue un fracaso, la reacción del ERS causó que muchos acholi se volvieran en contra la insurgencia, pero aún los pobladores tenían más antagonizados a las fuerzas gubernamentales.

Sin embargo, la postura del gobierno se vio obstaculizada por el desacuerdo sobre la credibilidad de los negociadores del ERS y porque se dieron cuenta de que Kony estaba ganando tiempo negociando con el gobierno sudanés para obtener apoyo mientras trascurría la reunión.

[25]​ Dos semanas después del ultimátum de Museveni, se informó que el ERS había establecido bases en el sur de Sudán, con la aprobación de Jartum[25]​ en respuesta al apoyo del gobierno ugandés al grupo rebelde sursudanés ELPS, en que en esos momentos Sudán sufría una guerra civil.

A partir de 1996 el gobierno hizo una política de tierra quemada donde los acholi fueron obligados a trasladarse a campamentos de desplazados internos al cual el gobierno las llamó "aldeas protegidas", aumentando la actitud antagónica que percibían los acholis hacia el gobiernos.

Las "aldeas protegidas" eran insalubres y miserables,[28]​ descritos como campos de exterminio,[29]​ los cuales eran comúnmente atacados por el ERS.

[29]​ En 1997 el Frente Nacional Islámico (NIF), el partido gobernante de Sudán, estaba decreciendo su poder.

Este acuerdo, junto con el regreso de las fuerzas ugandesas en la República Democrática del Congo tras el final oficial de la segunda guerra del Congo, creó lo que el gobierno de Uganda consideró como una situación ideal para poner fin al conflicto que se había convertido en un problema y vergüenza política.

Lo que llevó el desplazamiento generalizado en el norte y oriente de Uganda.

Una serie de iniciativas locales encabezadas por líderes locales, así como iniciativas diplomáticas durante estos años, fracasaron, especialmente porque la posición negociadora de Kony seguía siendo incierta, pero el conflicto ganó una cobertura internacional sin precedentes.

El gobierno de Uganda acordó no atacar esas áreas.

[46]​ En junio de 2008, los diplomáticos informaron que el ERS había comprado nuevas armas y estaba reclutando nuevos soldados, agregando 1.000 reclutas a los 600 soldados que ya tenía.

En octubre de 2011, Obama anunció el despliegue de 100 soldados estadounidenses para ayudar a las fuerzas anti-ERS a someter al líder del ERS Joseph Kony, citando el acto mencionado en una carta a los jefes de ambas cámaras del Congreso.

[53]​ La brigada estableció su cuartel general en Yambio, en Sudán del Sur, cerca de la frontera con la RDC, y está comandado por un oficial ugandés; un oficial congoleño supervisa las operaciones de inteligencia.

Aunque Radhika Coomaraswamy, representante especial de la ONU para los niños y los conflictos, señaló que "el número real de secuestros es mucho mayor, estos son solo los que conocemos".

[61]​ Los funcionarios estadounidenses dudaban de que Kony realmente quisiera rendirse.

Según los informes, los rebeldes fueron rastreados con la ayuda de inteligencia proporcionada por Estados Unidos.