Pertenece al Subsistema de la Investigación Científica.

Actualmente cuenta con dos sedes, una en el circuito escolar y otra, en el tercer circuito exterior de Ciudad Universitaria.

Su misión es el estudio de fenómenos biológicos y biomédicos en los niveles molecular, bioquímico, celular, organísmico y poblacional para contribuir con este conocimiento al progreso científico, la enseñanza y la divulgación científica en el país con miras a un desarrollo mundial saludable.

[1]​ El Instituto está organizado en 4 departamentos, Biología Celular y Fisiología (BCyF), Biología Molecular y Biotecnología (BMyB), Inmunología (Inm) y Medicina Genómica y Toxicología Ambiental (MGTA).

Con objeto de vincularse con el Sector Salud, el Instituto ha establecido Unidades Académicas Periféricas en diversas instituciones hospitalarias, la del Instituto Nacional de Pediatría fundada en 1981, la del Instituto Nacional de Cancerología creada en 1986, la del Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán en 1995, y la más reciente en el Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía Manuel Velasco Suárez en 2011.