El STRI cuenta con varias instalaciones en diferentes puntos del país, incluyendo la isla de Barro Colorado, una isla artificial ubicada en el lago Gatún del Canal de Panamá.
[1] La historia del STRI comienza con un acuerdo establecido en 1910 entre el secretario del Instituto Smithsonian, Charles Doolittle Walcott y Federico Boyd, encaminado a facilitar el estudio de diversidad biológica de la Zona del Canal de Panamá.
La relación con Panamá fue oficialmente formalizada en 1977, a raíz de los Tratados Torrijos-Carter.
El país ofreció la custodia y soporte a las instalaciones del centro en 1997, momento cercano al cumplimiento de dichos tratados.
[1] El STRI tiene su sede principal en un edificio ubicado en áreas del corregimiento de Ancón, nombrado en honor a Earl S. Tupper.