Anualmente tiene una partida en el Presupuesto General de Ingresos y Egresos del Estado y, sus recursos los administrará de manera autónoma en función a sus propios requerimientos.
La ubicación de las oficinas centrales del Instituto Nacional de Ciencias Forenses se encuentra en la Ciudad de Guatemala pero tiene oficinas regionales y departamentales en todo el país, actualmente se divide en 5 regiones.
Los miembros titulares y suplentes del Consejo Directivo desempeñarán sus funciones mientras permanezca en su cargo el funcionario que los designó; salvo que el nuevo funcionario los ratifique.
La Dirección General está a cargo del director general, que es el jefe del INACIF y el responsable de su buen funcionamiento.
El director general del INACIF es nombrado por el Consejo Directivo, dentro de los candidatos al concurso público de méritos, que es convocado para el efecto al menos con sesenta días de anticipación conforme lo señala el reglamento respectivo y ejerce las funciones del cargo durante cinco años, pudiendo ser reelecto por una sola vez.