Fue creado en 1921 por el presidente de Panamá Belisario Porras, como tributo al doctor William C. Gorgas, quien había erradicado la fiebre amarilla durante la construcción del Canal de Panamá.

El instituto fue administrado por los Estados Unidos hasta 1990 con el nombre de Laboratorio Conmemorativo Gorgas.

Han realizado investigaciones de control y prevención en enfermedades parasitarias como la malaria, la toxoplasmosis, la leishmaniasis y la enfermedad de Chagas; así como enfermedades producidas por arbovirus, retrovirus, robovirus, papilomavirus, virus respiratorios, etc. Dentro del instituto existe un banco de sueros con una cantidad estimada de 50 mil sueros.

También posee una biblioteca con alrededor de 1.139 publicaciones hechas por investigadores del instituto.

Hacia 1990, fue traspasado al gobierno panameño y pasó a ser una unidad ejecutora del Ministerio de Salud.