Formó parte activa de Euzko Gaztedi Indarra (EGI), las juventudes de dicho partido, que poco después llegaría a presidir siendo miembro del Consejo Regional desde 1980 a 1985.
En 1983 participó realizando un discurso en la tribuna del recordado Alderdi Eguna de Aixerrota (Guecho).
Con tan solo 25 años, Iñigo Urkullu fue elegido miembro del Bizkai Buru Batzar (BBB), la ejecutiva del PNV en Vizcaya, en la que permaneció durante dos períodos (1984-1987) y (1996-2000), resultando elegido presidente de la misma el año 2000.
Tras la negociación para conformar gobierno, en noviembre de 2016 se dio a conocer el acuerdo de coalición entre los dos partidos que habían apoyado la investidura del lendakari, formándose posteriormente un ejecutivo vasco compuesto por 14 carteras.
En 2020, tras unas elecciones aplazadas por la pandemia de COVID-19, Urkullu participó como candidato independiente, pero aún apoyado por el Partido Nacionalista Vasco, y acabó recibiendo el 39.07% de los votos; aunque también cosechó sus mejores resultados, al obtener el PNV 31 diputados, los cuales sumados a los 10 del PSE-EE, le permitieron revalidar su gobierno de coalición durante otra legislatura más.