En In Darkness Dwells El guion fue escrito por David Goyer con historia por Jordania Goldberg, y dirigido por Yasuhiro Aoki con Christopher Drake quien también musicalizó el film .El actor Will Friedle, quien interpretó anteriormente a Terry McGinnis / Batman en Batman Beyond, regresa en este film junto a Kevin Conroy.
La película fue producida por Madhouse, Los relatos que suceden en los cortos se ubican en la línea temporal ficticia que va desde el final de Batman Begins hasta el comienzo de The Dark Knight.
Aunque todos los cortometrajes están basados en un estilo muy semejante al anime, cada uno tiene su propio enfoque artístico y de escritura; al igual que las obras del Universo DC (aunque algunas de estas están conectadas entre sí).
Los dos están asignados a trasladar al Hombre de Negro, Jacob Feely, un preso que escapó del Asilo Arkham con experiencia en electrónica avanzada y explosivos (capturado en el corto anterior), al Estrecho para ser encarcelado.
Un hombre sin hogar que viven en una estación de metro abandonada identifica al secuestrador como Killer Croc.
Batman y Gordon brevemente discuten el pasado del individuo, pero se cortan cuando Killer Croc se muestra, bajo la influencia de la toxina del miedo, y ataca a Batman.
Debido al metano ya presente en la habitación, unas chispas causan una explosión que destruye varios contenedores de agua, inundando la zona y permitiendo a Batman escapar con el cardenal.
En primer lugar, recuerda el voluntariado con un esfuerzo de ayuda y asistencia a un médico en realizar una cirugía sin anestesia.
Durante varios meses, ella le enseña a minimizar su dolor hasta el punto en que pueda dominarle, durmiendo en una cama de agujas o de pie sobre brasas sin reaccionar.
Alfred llega a ayudarlo y le dice a Batman si le da la mano para poder sacarlo de la cuneta, pero Batman, con los brazos llenos de armas, responde que no puede.
Deadshot intenta el asesinato de Gordon en un tren en movimiento, pero Batman desvía la bala.
Deadshot avanza donde él vio caer a Batman, pero es emboscado por detrás y desarmado.
Wayne le confía a Alfred lo similar de la lucha en el túnel a la noche en que sus padres fueron asesinados, y comenta que "He estado tratando de detener esas dos balas toda mi vida."
Los cortometrajes fueron escritos por Josh Olson, David S. Goyer, Brian Azzarello, Greg Rucka, Jordan Goldberg y Alan Burnett.
Esta película fue categorizada como no apta para menores de trece años (PG-13) por incluir violencia estilizada, e incluir algunas imágenes sangrientas, pero no es la primera película animada de Batman con esta clasificación (la versión sin editar de Batman Beyond: Return of the Joker se encuentra en esta clasificación).