Son trescientos años de oscuridad donde la Biblia es perseguida, así como sus traductores, impresores, lectores y cualquiera que quiera hacer un mínimo acercamiento a ella, desapareciendo prácticamente toda expresión protestante en el país hasta 1868 cuando a raíz de la Revolución La Gloriosa que provoca la huida de Isabel II y una nueva Constitución, se permite la libertad religiosa.
La IEE abarca comunidades de diversas tradiciones, incluyendo la presbiteriana, la luterana, la metodista y la valdense.
Crearon comunidades alternativas; una opción por la separación de Iglesias y Estado que, en aquel entonces, pareció sumamente peligrosa.
Aniquilada por la persecución toda su primera generación de líderes, surgieron nuevos pastores, entre ellos Menno Simons, con cuyo nombre son conocidos hasta hoy los menonitas.
En España, prestaron la poca ayuda humanitaria que les fue permitido durante la Guerra Civil, pero no establecen misiones ni congregaciones hasta la presente época de libertades religiosas.
En 1922 se abre el primer seminario bautista en Barcelona, aunque actualmente está en Alcobendas (Madrid).
Doctrinalmente las Asambleas de Hermanos se inspiran en la Reforma, y celebran la Cena del Señor el domingo con sentido únicamente simbólico.
Es heredera del anglicanismo histórico siendo su nota característica la denominada liturgia mozárabe o hispana.
Se organizan como una sola Iglesia formada por diversas congregaciones en todo el país, celebrando una convención anual conjunta desde 1963.