La nueva institución acabaría para reunir, mediante limosnas y otras donaciones, capital propio, pero carecía de una casa propia o una iglesia para sus funciones religiosas, puesto que, en la época, la institución funcionaba en la Iglesia de la Misericordia, en Oporto.Las obras empezaron a buen ritmo, pero al cabo de un tiempo quedaron paradas.En 1745, en una inspección, no fueron aprobados los cimientos de la fachada y se decidió deshacerlo para volver a hacerlo con bases más seguras.La escalinata que precede la iglesia fue iniciada el 1750 y sus obras durarían cerca de 4 años.Por las modificaciones radicales y la ampliación de qué fue objeto, en relación con el proyecto original, el altar mayor tuvo que ser totalmente reconstruido; del 1765 hasta el 1773 se procedió a la referida reconstrucción, seguida de otras pequeñas modificaciones.En el primer nivel, encontramos dos ventanas laterales con ornamentos vegetales y un gran ventanal central.Estos elementos se hacen más densos en sentido ascendente, y es el frontón en forma de zig-zag el área privilegiada.La monumentalidad del espacio interior se acentúa en el retablo de mármol (coloreado) del altar mayor, ejecutado entre 1767 y 1780 por el arquitecto Manuel dos Santos Porto, que nos introduce ya en el universo rococó.Nicolau Nasoni contribuyó durando muchos años a la construcción de la gran torre de los Clérigos sin recibir dinero a cambio, que obtuvo unos años más tarde.La torre está decorada según el gusto barroco, con esculturas de santos, llamas, cornisas muy acentuadas y balaustradas.Aunque Nasoni podría no haber conocido esta obra, la proximidad entre las dos sugiere las mismas fuentes, el clasicismo romano del siglo XVII.
