En 1665 el metropolita Mar Gregorios Abdal Jaleel de la Iglesia ortodoxa siria, con sede en Jerusalén, viajó a Kerala y ordenó canónicamente como obispo al archidiácono Tomás, jefe de los rebeldes contra la latinización.

En el siglo XIX, debido a la colonización británica en la India desde 1795, la Iglesia anglicana difundió sus doctrinas entre los malankaras, inspirando un movimiento reformista liderado por Abraham Malpan, que llevó a la formación de la Iglesia siria Mar Thoma del Malabar en 1899.

Esto no fue aceptado por quienes se mantuvieron leales al legítimo patriarca sirio.

En 1958, la Corte Suprema de la India declaró al catolicós como autocéfalo y legales los obispos en comunión con él.

Como las demás Iglesias ortodoxas orientales, con las que está en plena comunión, acepta los tres primeros Concilios Ecuménicos.