Durante el siglo XVIII, la iglesia fue ampliada y embellecida con elementos barrocos.
En 1793, el templo fue nuevamente ampliado, añadiéndose una nave lateral y reformando el altar mayor.
En el siglo XIX, la iglesia sufrió nuevas transformaciones, esta vez con influencias neogóticas.
La Iglesia del Santo Ángel Custodio ha desempeñado un papel crucial en la vida cultural y espiritual de La Habana, y ha dejado una marca indeleble en la historia de Cuba.
La conservación de la Iglesia del Santo Ángel Custodio ha sido una prioridad tanto para el gobierno cubano como para diversas organizaciones internacionales.