La iglesia de la Compañía es un templo construido por los jesuitas en Guanajuato, México.

Su diseño es obra del sacerdote betlemita José de la Cruz, y es una de las iglesias jesuíticas más grandes construidas en lo que era Nueva España.

Se destaca su fachada churriguresca que presenta tres puertas.

Se destaca su hermoso altar neoclásico, su órgano y la pinacoteca con obras de Miguel Cabrera y Baltasar de Echave Orio.

Luego la iglesia pasó a la Congregación del Oratorio de San Felipe Neri, siendo reabierta en 1794.