Esta fue la primera iglesia católica de Honduras construida a inicios del siglo XVI.[1] Se desconoce el año exacto de construcción del edificio pero gracias a las investigaciones se supo que para 1539 esta ya estaba construida y ese mismo año ya había sido elevada como catedral por el papa Pio III.[2] Esto podría dar indicios que la iglesia empezaría a ser construida poco después de la fundación de la ciudad entre 1525 o 1526 teniendo un diseño modesto y siendo de las primeras iglesias en ser construidas en suelo continental americano posiblemente utilizando elementos de la zona como rocas y corales o también madera en sus primeras etapas constructivas.Esto daría entender que el edificio ya tenía alrededor de 24 años más que la Iglesia de la Merced la cual se considera como la iglesia más antigua aun en pie en suelo hondureño y ya tenía 11 años de función como catedral antes que a esta se le otorgase dicho título.Se tiene registro que esta pudo haber sufrido un incendio que la pudo haber deteriorado mucho en 1799 hasta dejarla en ruinas para oficialmente ordenar su demolición para la edificación de un templo nuevo.
Representación de la iglesia en el grabado del Atlas de John Ogilby.
