Esta ermita era el primer edificio que los caminantes encontraban al bajar desde San Cristóbal de La Laguna a la actual capital tinerfeña.
La ermita tuvo una importante restauración en 1892, al añadírsele la torre con el campanario.
La primera rogativa pública que existe documentada en Santa Cruz, fue realizada en la ermita de San Sebastián.
En 1966, el obispo Luis Franco Cascón la ascendería al rango de iglesia parroquial.
[1] Destaca también dentro del templo, un óleo sobre lienzo que representa La Anunciación, obra de la segunda mitad del siglo XVII, se cree que donado por algún feligrés.